如何选择益生菌？
世界卫生组织对于益生菌的使用，强调活性、剂量和健康益处。益生菌是否能发挥作用，取决于菌种的活性、剂量和安全性。
1.选择优质菌种和菌株
选择益生菌，要选择优秀的菌种，同类菌种中，也会有成千上万不同的菌株，只有那些优秀的菌种、强壮的菌株，才有顽强的生命力，确保活菌功效强大，最终抵达肠道发挥作用。虽然绝大多数商业化成功菌株均是筛选自健康人体再进行培育，许多厂家可对外提供相同种类的益生菌，但是，未经临床验证的菌种和菌株作用是不可靠的。优秀菌种，优选菌株，是确保活菌功效强大的保证。生产益生菌的厂家虽然很多，但只有那些研发历史久，技术成熟，设备完善的厂家的益生菌才值得信赖。一般说来，大品牌的益生菌，是经过相关部门的检测的，质量更有保障。美国杜邦公司拥有上百年的专业菌种的开发历史，这些益生菌的菌种和菌株都具有传代稳定性和一定的抗逆性，具有良好的生产性能和发酵性能，便于实现工业化生产。另外在选择菌株时要注意菌株号，菌株号是每一个菌种后面英文及数字，如乳双歧杆菌Bi-07、HN019；副干酪乳杆菌33，相同的菌种但是没有菌株号就无法确定菌种的功效。
2.需要科学的配方
需要优秀的菌种和菌株，也需要科学的配方。益生菌从口腔经过胃酸、胆汁的重重考验到达肠道，想要快速起到作用，就需要优秀的菌种和菌株和科学的配方。不同的菌种菌株有不同的功效，多联菌比单一菌的功效要更全面，益生菌服用要多菌种配合，效果才好。只服用一种益生菌也会抑制其他种类的益生菌的生长，也不利于健康。复合菌种是多种益生菌的结合，效果要比单一菌种的效果好。复配组方中，不同菌种及不同菌株功效各异，互为强化与补充，只有当多种菌种相互配合时，才能构建完善的肠道防御屏障。如果菌种的来源及品质一般，菌种单一，数量即便是几百亿，也只是个营销噱头。配料成分中，还要添加益生元（益生菌的食物），会对有益菌在肠道中的增殖有重要作用，增加益生菌的功效。
3.安全性符合国家规定
属于保健食品范畴的益生菌制剂添加的益生菌菌种是卫计委《可用于食品的菌种名单》或《可用于保健食品的真菌菌种名单》中规定的菌种及菌株。如要用作婴幼儿的益生菌，要符合国家卫计委规定的《可用于婴幼儿食品的菌种名单》，可安全应用于婴幼儿食品的菌株，分别为嗜酸乳杆菌NCFM、动物双歧杆菌Bb-12、乳双歧杆菌Bi-07、HN019、鼠李糖乳杆菌HN001、LGG等，只有这几种才是安全的。在挑选益生菌时一定要记得查看菌种成分、菌株号，没有明确标注菌株号的不要选择。
4．要有足够多的活菌数
国际上对益生菌的定义是活的、有足够数量并对宿主有益的微生物菌种才能称之为益生菌。益生菌想要达到有效的生物活性，就需要补充足够数量活的益生菌，否则，就不能保证最终到达大肠的活菌量，也就无法保证功效。益生菌的活菌数只有达到足够多的数量才能更有效的到达肠道内定植、繁殖。目前单次补充的量基本上都是数以亿的。每次至少补充50～100亿个以上，就要服用足够含量和足够数量的益生菌。足够数量的益生菌才能补充或调节肠道菌群结构，才能具有一定的免疫调节能力。益生菌厌氧、怕高温，大多数在接触空气一段时间、或超过40℃之后，都会失去活性。很多产品虽然宣传含有上百亿个益生菌，但多为出厂时的数量，经过运输、储存后，活性和数量都会大大减少。益生菌的有效性与活菌稳定性密切相关，而益生菌的存活能力和稳定性能具有种属特异性。
要对肠道菌群平衡产生影响，就要有足够数量的多种益生菌，才能对肠道内的上百万亿个肠道菌群产生影响。
要保证益生菌的活性，就要在产品的生产（包括菌种的筛选、生产环境、技术、包装等）、货架期的稳定性、食用后通过胃酸、胆盐的能力，以及在肠道定植的能力等各个环节都重视起来，才能够安然无恙地到达结肠。结肠的环境较适合细菌生存，是肠道细菌的主要栖息地。口服的细菌在抵达那里之前要经过两关：第一关是胃，胃液的强酸性和所含的消化酶能够杀死、消化掉大多数细菌。第二关是小肠，那里的胆汁酸和消化酶也会对细菌造成破坏，由于小肠的环境是碱性，那些不怕胃酸的细菌到了小肠可能就适应不了。乳杆菌能抗胃酸却难以抗小肠环境，而双歧杆菌则倒了过来，不抗胃酸却抗小肠碱性环境。益生菌代谢产物通常也具有生物活性，只有活的益生菌才能产生有具有生物活性的代谢产物，起到益生的作用。
益生菌想要达到有效的生物活性，还要在肠道中定植，生存和繁衍下来。到达肠道的益生菌一部分定植在肠道上皮细胞表面，一部分随粪便排出。定植在肠道内的益生菌与致病菌竞争占位，阻碍致病菌定植和增殖。因此，肠道定植率越高，作用效果越显著。益生菌一般应能够黏附或定植于肠道，应至少在肠道内存活一段时间以发挥其作用。一些饮料、补充剂，如传统酸奶虽然含有益生菌，但益生菌量不足、且“穿肠而过”，无法长期存留，虽有一定促进消化的作用，但想要补充能够黏附或定植于肠道益生菌，还是建议选择专业的益生菌制剂。
5.选择适合自己的益生菌产品才有良好的功效
益生菌有很多种，但究竟哪些对人体真正有益需要经过大量临床验证和文献。虽然研究证实益生菌有许多功效，但并不是每一种益生菌都具备所有功效，即便是同样的菌种也未必具有同样的功效，这种功效一定要经过临床验证的。因为益生菌的功效高度依赖于“菌株号的特定性”。益生菌功效具有“高度的菌株特定性”和“剂量依赖性”，就是说某一菌株的功效或治疗作用并不代表本属或种的益生菌都具有这一作用；不同菌种、不同菌株、不同的供应商不同的菌株配比都可能有完全不同的功效，发挥作用所需的剂量也不同，甚至同一菌株针对不同的疾病所需的剂量也有差异。选择益生菌也应该根据不同的功能需要来选择适合我们自己的益生菌产品。选择益生菌补充剂时，要看一下，用了哪个菌株，用量多大，特别是产品是含有多个菌株。不同菌株它对人体的有益作用也是存在区别的。